Die Stadtgemeinde Zistersdorf, inmitten von Weinbergen am Fuße des Steinberges, darf auf eine lange und ereignisreiche Geschichte zurückblicken.
Zistersdorf wurde im Jahre 1160 erstmals urkundlich erwähnt. Mitte des 13. Jahrhunderts wurde die von den Kuenringern gegründete Stadt bereits als mit Stadtmauern umgeben beschrieben. In diese Zeit fällt auch die Verleihung des Stadtrechtes. Der damals rechteckige Zentrumsplatz stellt die heute bekannte "Innenstadt" dar.
Die Bewohner der Grenzstadt waren im Lauf der Jahrhunderte einer Vielzahl von feindlichen Einfällen ausgesetzt. Besonders die Hussiten wüteten im 15. Jahrhundert, später die Schweden im Verlauf des 30-jährigen Krieges und vor allem die Kuruzzen im Jahr 1706. Trotzdem entwickelte sich die Stadt rasch zu einem regionalen Handels- und Marktzentrum. Vor allem gab es rege Handestätigkeit mit dem Umland und mit den östlichen Nachbarn in der heutigen Slowakei.
Die Zistersdorfer Stadtherren - nach dem Aussterben der Kuenringer folgten die Pottendorfer, später bis zum Jahre 1810 die Grafen von Althan - trugen unterschiedlich zur Entwicklung bei. Das Stadtwappen (rot-blau) erinnert noch heute an die Herrschaft der Pottendorfer. Hervorzuheben ist hier besonders Rudolf von Teuffenbach, der in der Stadt nicht nur den Ausbau des Schlosses, ehemals eine mittelalterliche Eckburg, vorantrieb, sondern auch ein Spital und das Franziskanerkloster gründete.
Das Schloss fiel nach dem Aussterben der Grafen von Althan an die k. u. k. Theresianische Ritterakademie, später erwarb die Stadtgemeinde das Gebäude und heute ist die Landesberufsschule (Heizung, Sanitär, Gas- und Wasserinstallation, Spengler und Kupferschmiede) im Schloss untergebracht.
Im 19. Jahrhundert erlebte die Stadt wirtschaftlichen Aufschwung und wuchs zu beträchtlicher Größe. Viele Gewerbebetriebe, die Ziegelindustrie und Bahnanschlüsse (Flügelbahn nach Drösing zur Nordbahn 1889 und Lokalbahn nach Pirawarth und Dobermannsdorf 1911) belebten die Wirtschaft.
In der Zwischenkriegszeit ernete Zistersdorf überregionale Aufmerksamkeit aufgrund der beträchtlichen Erdölfunde. Im Jahre 1930 stieß man erstmals auf Rohöl. Die Bohrung Gösting II im Jahre 1934 ist hier besonders hervorzuheben, weil bereits eine Tagesproduktion von 30 Tonnen Erdöl gefördert werden konnte. Die Erdölvorkommen hatten ernorme Bedeutung für die Entwicklung des östlichen Weinviertels und die Wirtschaft der 1. Republik.
Die Großgemeinde besteht aus den Orten Blumenthal, Eichhorn, Gaiselberg, Gösting, Großinzersdorf, Loidesthal, Maustrenk, Windisch Baumgarten und Zistersdorf. Die Zusammenlegung dieser Gemeinden erfolgte in den Jahren 1971 und 1972. Mit einer Fläche von 88,65 km² ist Zistersdorf die größte Gemeinde des Bezirkes Gänserndorf.